O Ministério Público Federal atua sob perspectiva do coletivo, também atua na defesa dos direitos e interesses das populações indígenas, do meio ambiente, de bens e direitos de valor artístico, estético, histórico, turístico e paisagístico que integrem o patrimônio nacional, cabendo-lhe ainda garantir os interesses sociais e individuais indisponíveis assegurando que estes sejam respeitados pelo Poder Público e pelos que prestam serviços de relevância pública, tais como o direito à vida, à liberdade, ao patrimônio cultural, à saúde, à educação, entre outros. O cidadão poderá acionar o Ministério Público Federal para que este exerça a defesa dos seus direitos constitucionais, sempre que se cuidar de garantir-lhe o respeito: pelos Poderes Públicos Federais; pelos órgãos da administração pública federal direta ou indireta; pelos concessionários e permissionários de serviço público federal; a exemplo de noticiar a realização de licitações fraudulentas, atos de improbidade (desvio de verbas públicas pertencentes ou repassadas pela União, fraudes em concursos públicos realizados pela Administração Pública Federal), degradação do meio ambiente em área da União, etc.

Os interesses individuais são atendidos na justiça federal pela Defensoria Pública da União e pela Advocacia. Em alguns casos, o cidadão pode acionar a justiça federal diretamente no Juizado Especial Federal, a exemplo de causas previdenciárias.